1998年4月，WNBA联盟宣布将在1999赛季增加明尼苏达山猫和奥兰多魔术两支新军。1999年6月12日，山猫队历史上第一场常规赛主场比赛吸引了12000名球迷到场观战，对手是底特律震动队，最后山猫队以68-51战胜对手取得球队历史上首场胜利。在这个新军赛季，山猫队取得了15胜17负的战绩，最后无缘季后赛。 

　　此后连续四个赛季，山猫队都没有打进季后赛。2003年1月21日，山猫队任命苏茜-迈克奈尔-瑟里奥为球队主教练，苏茜是前WNBA著名球星，参加过两届奥运会。在过去的20年中，她对世界女子篮球运动产生了很大的影响。在苏茜的率领下，山猫队在常规赛中取得18胜16负的球队历史最好战绩，历史上首次晋级季后赛。

　　季后赛首轮面对洛杉矶火花队，山猫队在第一场比赛中实现了大逆转，她们在一度落后21分的情况下战胜了强大的火花队，但随后火花队在洛杉矶连赢两场，淘汰了山猫队。2004年，山猫队以18胜16负的战绩杀入季后赛，但是依然没能突破首轮关口，最后被西雅图暴风队2-0击败。这一年，主教练苏茜荣获“年度最佳教练”称号。 

球队总冠军：2011年、2013年两获WNBA总冠军